Апарат управління є вищим виконавчим органом ФСТ «Динамо» України.
Структура апарату управління, яка затверджена Президією Товариства:
- Відділ організаційної та кадрової роботи;
- Відділ олімпійських видів спорту;
- Відділ неолімпійських видів спорту;
- Контрольно-ревізійний відділ;
- Бухгалтерська служба;
- Фінансово-економічний відділ;
- Юридичний відділ.